Una sequera persistent, des de fa dècades, i un creixement ràpid de la població són els problemes principals del Mali per a la preservació del medi ambient. La major part dels habitants (82%) es dediquen a l’agricultura de subsistència. Sovint, degut a la sequera i als danys causats per les llagostes, hi ha collites dolentes. Al sud, a les proximitats del riu Níger, es concentra una gran part de les activitats econòmiques del país, monopolitzada per una agricultura subdesenvolupada i medieval. Més del 80% de l’activitat econòmica del Mali es concentra en el sector primari. Per tant, s’ha convertit en el primer productor continental de cotó.
El país pateix una greu contaminació de l’aigua degut a la falta d’equips sanitaris imprescindibles. Només el 6% dels seus habitants disposen d’instal•lacions sanitàries adequades i només el 66% tenen accés a l’aigua potable. L’aigua de les corrents subterrànies i dels pous sovint està contaminada de bacteris. Al Mali, segons les estadístiques oficials, més de 3 milions de persones encara no tenen accés a l’aigua potable i 6 milions de persones a un sanejament adequat.
Només el 44% de la població té accés als serveis sanitaris mínims. En una gran part del país, els equips i serveis mèdics són inadequats o simplement no existeixen. Només hi ha una mitjana d’un metge per 20.000 habitants i un llit d’hospital per cada 2.500. Sovint a les clíniques escasseja el personal o els medicaments, i els hospitals de les capitals regionals estan molt mal equipats. Diverses malalties assolen el país, principalment el paludisme (malària) que provoca diversos milers de morts a l’any; a més, de la presència àmpliament notòria de la grip, la disenteria, les malalties venèries, el cuc de Guinea (paràsit subcutani) i la rubèola. La febre groga, la bilharziosis i la ràbia causen estralls al país. Els problemes d’higiene pública són igualment molt preocupants a les zones urbanes, ja que les aigües residuals sovint es troben en rierols a cel obert.